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南京農(nóng)業(yè)大學動物醫(yī)學院的前身為1921年創(chuàng)立的東南大學畜牧獸醫(yī)系，是我國最早成立的畜牧獸醫(yī)系之一。1927年改名為中央大學畜牧獸醫(yī)系， 1952年全國院系調(diào)整時組建南京農(nóng)學院畜牧獸醫(yī)系。1984年，更名南京農(nóng)業(yè)大學，分設獸醫(yī)系和畜牧系；1994年，經(jīng)農(nóng)業(yè)部批準，在南京農(nóng)業(yè)大學獸醫(yī)系的基礎上成立動物醫(yī)學院。

動物醫(yī)學院學科實力居國內(nèi)一流，享有較高的國際聲譽。曾為國務院學位委員會獸醫(yī)學科評議組召集人任職單位，現(xiàn)為全國獸醫(yī)專業(yè)學位教育指導委員會秘書處掛靠單位和副主任委員任職單位。1995年設獸醫(yī)學博士后流動站，1998年獲獸醫(yī)學一級學科博士學位和碩士學位授予權(quán)，1999年獲獸醫(yī)博士專業(yè)學位和獸醫(yī)碩士專業(yè)學位學位授予權(quán)。 擁有農(nóng)業(yè)部動物細菌學重點實驗室、農(nóng)業(yè)部動物生理生化重點實驗室、豬鏈球菌OIE參考實驗室、現(xiàn)代化的動物實驗中心等科研平臺。2007年獸醫(yī)學一級學科評為國家重點學科，2010年被評為江蘇省優(yōu)勢學科。